浙江海洋学院自1998年合并组建以来，一直将科学研究作为学校工作的重点，以“项目”为龙头积极开展科技创新研究，科研工作近年来厚积薄发，取得优异成果。2008年6月，浙海院被国家科技部授予海洋领域“国际科技合作基地”称号，成为全国国际科技合作76强之一。

    2003年9月，吴伟志课题组申报的“模糊与随机环境下的粗糙集理论与知识获取”获国家自然科学基金资助，这是学校首次获得此类项目；2006年12月，吴常文课题组申报的“新型离岸深水网箱成套装备及养殖技术”获国家“863”计划项目立项；2007年1月，詹亚园课题组申报的“黄式三、黄以周学术著作汇辑”获国家清史纂修工程项目立项，实现了学校国家级人文社科类项目零的突破；2007年7月，吴常文教授牵头组织申报“东海区重要渔业资源调查及名优水产增养殖的关键技术研究与示范”中标国家科技支撑计划项目，资助额度3141万元，这是学校首次中标国家科技支撑计划项目。

    自2000年以来，浙江海洋学院承担了“深海抗风浪网箱的研制与养殖示范”、“新型离岸深水网箱成套装备及养殖技术”等一系列与深水网箱类有关的国家“863”科技计划项目，并获得2007年度浙江省科学技术奖二等奖。近5年来，浙江海洋学院科研立项资助经费达10562万元，到校经费6399万元。“大黄鱼规模养殖新技术开发”项目成果获得2007年度海洋科技创新成果奖一等奖，浙江省高校优秀科研成果奖一等奖。

    学校的人文社会科学研究同样成果颇丰。宋秋前教授的科研成果获第三届全国教育科学研究优秀科研成果奖三等奖，黄建钢教授、唐洪森教授、马丽卿教授的科研成果获“浙江省第十三届哲学社会科学优秀成果”三等奖。