根据国家科技部提出的科技进步示范县（市、区）与欠发达市县开展“东西科技互动共进”活动的要求，椒江区于2005年开始，与新疆昌吉自治州吉木萨尔县开展了科技结对合作。为加强合作交流，双方共同建立了科技经济合作协调小组，签订了“浙江省台州市椒江区科技局——新疆昌吉自治州吉木萨尔县科技局科技经济合作协议书”，明确了今后五年科技、经济合作重点。并通过举办座谈会、考察工农业重点企业等方式，为两地企业合作搭建起良好的平台，推动了椒江民营企业家参与开发吉木萨尔县经济建设。

最近，由新疆科技厅党组成员、科技兴新办公室主任段生荣带队的新疆科技厅考察组一行6人对台州市椒江区进行了为期4天的学习考察。